Bilecik Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü; 29.05.2007 tarih ve 5662 sayılı Kanunun ek 81/ç maddesi uyarınca kurulmuş olup, 2547 sayılı Yükseköğretim kanununa dayanılarak çıkarılmış olan Lisansüstü Eğitim Öğretim Yönetmeliğine uygun olarak öğrenci kabulüne 2008-2009 Eğitim Öğretim Yılı Bahar Yarıyılında başlamıştır.
Bilecik Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü'nün temel amacı Bilecik Üniversitesi'nde Fen ve Mühendislik Bilimleri alanında lisansüstü eğitimi düzenlemek, bilimsel düşünceye inanan ve gelişmeleri yakından takip edebilen, akademik ve etik değerlere bağlı öğretim elemanları yetiştirmek ve özel sektörün ihtiyaç duyduğu yetenekli insan gücüne katkıda bulunmaktır.
Enstitümüz bünyesinde lisansüstü programlarına kayıtlı olan öğrenciler ders, seminer ve tez çalışmalarını bağlı oldukları yönetmeliğe uygun olarak sürdürürler. Öğrenciler lisansüstü eğitimlerini bağlı oldukları yönetmeliklerde belirtilen sürede tamamlamak zorundadır.
Misyonumuz; Fen Bilimleri Enstitüsü Anabilim Dallarında öğrenim gören lisansüstü öğrencilerinin, teknolojik bilgi ve beceriye sahip olarak yetiştirilebilmesi için gerekli eğitim programlarının geliştirilmesini, değerlendirilmesini ve etkin olarak yürütülmesini sağlamaktır. Ayrıca ulusal ve uluslararası düzeydeki sorunların çözümüne katkıda bulunacak, doğaya ve topluma karşı sorumlu, farklı sektörlere alanlarındaki bilgi ve birikimlerini aktarabilen araştırmacılar ve uzmanlar yetiştirmektir.
Vizyonumuz, ileri ve uluslararası düzeyde bilimsel ve teknolojik araştırmaları destekleyen, bölgesel ve küresel sorunların çözümüne katkıda bulunan, disiplinlerarası iletişim ve işbirliği geliştiren, yenilikçi, araştırmacı ve uzman kişileri yetiştiren; uluslararası tanınmışlığa sahip önder bir kurum olmaktır.